El objetivo de la segunda fase del Programa Umbral es reducir la corrupción y fortalecer el estado de derecho en Paraguay a través de un control más efectivo de los recursos públicos mediante tareas de prevención, control y sanción de hechos de corrupción.
Los esfuerzos del programa están enfocados en las siguientes instituciones:
• Ministerio Público para el fortalecimiento de la capacidad investigativa de los fiscales.
• Corte Suprema de Justicia en la consolidación de los sistemas disciplinarios y de control interno del Poder Judicial.
• Contraloría General, Ministerio de Hacienda, Ministerio de Salud en el mejoramiento de los mecanismos de control interno en la administración pública así como en otras nueve instituciones del Estado.
• Dirección Nacional de Aduanas en la facilitación de los trámites de comercio exterior, control interno y lucha contra el contrabando.
• Ministerio de Industria y Comercio para una mejor protección de los Derechos de Propiedad Intelectual.
• Ministerio del Interior y Policía Nacional para la mejora en los sistemas de control interno en la Policía Nacional y de formación profesional.